تهدف وكالة الجامعة بأن تكون مرجعاً في الإتقان المهاري في تعاملاتها الإدارية والمالية بهدف تسهيل كافة الخدمات المناطة بها، وتهتم الوكالة بتحسين مستوى الخدمات المالية والإدارية عن طريق الإدارة الإلكترونية والإشراف على إعداد الميزانية السنوية للجامعة، ومتابعة الاعتمادات الخاصة ببنود الميزانية، والعمل على سد الاحتياجات الأكاديمية والإدارية من القوى العاملة، والحفاظ على أصول الجامعة وممتلكاتها والعمل على صيانتها وتنميتها، والإشراف على الموارد الذاتية وعلى أعمال المتابعة الإدارية والمالية.