تعتبر إدارة المستودعات إحدى الإدارات ​الهامة والتي ترتكز عليها الشؤون المالية والإدارية بالجامعة , وتقوم بإمداد كافة قطاعات الجامعة من الاحتياجات المتعلقة بالأثاث والأجهزة والأدوات القرطاسية والمكتبية حسب الآليات المتبعة في عمليات الصرف وتعتبر إدارة المستودعات مسؤولة عن كل من تنفيذ أحكام قواعد وإجراءات المستودعات الحكومية والإشراف على أعمال المستودعات والتنسيق مع الإدارات الأخرى بالجامعة في تقدير الاحتياجات السنوية لها من الأصناف المختلفة وترتيب وحفظ وصيانة الأصناف وفقاً للطرق المناسبة لطبيعة كل صنف وتوفير وسائل السلامة والأمن في المستودعات تنقسم أصناف المخزون من حيث خصائصها وطبيعة استعمالها إلى نوعين: 

(1). أصناف مستديمة : وهي التي لا تستهلك ولها عمر استعمالي وتعاد أو بقاياها إلى المستودع بعد انتهاء صلاحيتها أو الاستغناء عنها , وتقسم الأصناف المستديمة إلى مجموعات منها : 1- الأثاث المكتبي مثل المكاتب والكراسي بأنواعها المختلفة ودواليب الحفظ والفهرسة والأبسطة والستائر. 2- المطبوعات والأوراق ذات القيمة. 3- أجهزة التبريد والتسخين والتدفئة والتهوية والتكييف. 4- أجهزة أو معدات المستشفيات والمختبرات والمعامل وما يماثلها. 5- السيارات والمعدات الزراعية. 6- الأشرطة التلفزيونية والإذاعية عدا الإعلامية منها. 7- أجهزة مقسمات الهاتف وما يتبعها. 

(2). أصناف معدة للاستهلاك : وهي التي تستهلك بالاستعمال المباشر ولا يتخلف عنها بقايا من نوعها , وتقسم الأصناف المعدة للاستهلاك إلى مجموعات منها : 1- الأدوات المكتبية. 2- اللوازم التعليمية الاستهلاكية. 3- الأدوية الطبية والعقاقير والأمصال واللقاحات. 4- المواد الكيمائية والمبيدات والأدوات الطبية الاستهلاكية. 5- الأدوات الزجاجية التي تستخدم في الاختبارات. 6- المواد الخام اللازمة للتصنيع التي تدخل في التشغيلات ولا يتخلف عنها بقايا من نوعها. 7- الوقود ومشتقاته. 8- مواد النظافة. 9- المواد والمنتجات الغذائية. 10- بعض أنواع قطع الغيار التي لا يستفاد منها بعد استعمالها ولا يجدى فيها أي إصلاح أما بالنسبة للأصناف التي تجمع بين النوعين السابقين فيتم تحديد إلحاقها بأيهما بالاتفاق مع وزارة المالية والاقتصاد الوطني.